Dem Zentrum für Augustinus-Forschung als e.V. wurde am 6.4.2006 vom Bayerischen Staatsministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst die Rechtsstellung eines An-Instituts der Universität Würzburg verliehen.
Nicht weniger als zwölf Professoren hatten sich seinerzeit zu einer Zusammenarbeit mit dem ZAF bereit erklärt: Dominik Burkard (Kirchengeschichte des Mittelalters und der Neuzeit), Karlheinz Dietz (Alte Geschichte), Michael Erler (Klassische Philologie), Stephan Ernst (Moraltheologie), Erich Garhammer (Pastoraltheologie), Dag Nikolaus Hasse (Philosophie), Bernhard Heininger (Neues Testament), Elmar Klinger (Fundamentaltheologie), Karl Mertens (Philosophie), Walter Müller (Schulpädagogik), Theodor Seidl (Altes Testament) und Hans-Georg Ziebertz (Religionspädagogik). Die jeweiligen Lehrstuhlnachfolger(innen) übernehmen in der Regel mit Freude und Engagement diese institutionalisierte Kooperation.
Ein paritätisch besetzter Lenkungsausschuss, zurzeit bestehend aus den Professoren Erler – als dessen Leiter –, Burkard und Mertens sowie drei Vertretern des ZAF, koordiniert die gemeinsamen Planungen und Aufgaben an der Universität.
Dazu zählt in jedem Jahr einerseits der meistens im Sommersemester zu unterschiedlichen zentralen Themen veranstaltete Augustinus-Studientag mit jeweils mehreren Vorträgen ausgewiesener hiesiger und auswärtiger Referenten sowie ein gemeinsames Lektüreseminar für Hörer aller Fakultäten im Wintersemester. Die Augustinus-Studientage weiten sich bisweilen sogar zu größeren Symposien aus, z.B. 2012 zu Augustins Schrift De ciuitate dei – Vom Gottesstaat und 2015 zu Augustins Bild von Israel und Judentum.
Personell kommt die enge Allianz von ZAF und Universität insbesondere in der Tätigkeit von Prof. Dr. Christof Müller zum Ausdruck, der im Rahmen einer «Akademie-Professur» einerseits als Wissenschaftlicher Leiter des ZAF und des Augustinus-Lexikons (AL) fungiert, zum anderen als außerplanmäßiger Professor an der Theologischen Fakultät der Universität lehrt.
Seit 2015 ist das ZAF zudem Teil des Würzburger Altertumswissenschaftlichen Zentrums (WAZ) der hiesigen Universität, eines Zusammenschlusses von die Antike und Spätantike betreffenden Fakultäten, Lehrstühlen und Instituten.
